org.jmol.api
Interface SmilesMatcherInterface

All Known Implementing Classes:
SmilesMatcher

public interface SmilesMatcherInterface


Method Summary
 int areEqual(java.lang.String smiles1, java.lang.String smiles2)
           
 java.util.BitSet[] find(java.lang.String pattern, java.lang.String smiles, boolean isSmarts, boolean firstMatchOnly)
           
 int[][] getCorrelationMaps(java.lang.String pattern, JmolNode[] atoms, int atomCount, java.util.BitSet bsSelected, boolean isSmarts, boolean firstMatchOnly)
           
 java.lang.String getLastException()
           
 java.lang.String getMolecularFormula(java.lang.String pattern, boolean isSearch)
           
 java.lang.String getSmiles(JmolNode[] atoms, int atomCount, java.util.BitSet bsSelected, boolean asBioSmiles, boolean allowUnmatchedRings, boolean addCrossLinks, java.lang.String comment)
           
 java.util.BitSet getSubstructureSet(java.lang.String pattern, JmolNode[] atoms, int atomCount, java.util.BitSet bsSelected, boolean isSmarts, boolean firstMatchOnly)
           
 java.util.BitSet[] getSubstructureSetArray(java.lang.String pattern, JmolNode[] atoms, int atomCount, java.util.BitSet bsSelected, java.util.BitSet bsAromatic, boolean isSmarts, boolean firstMatchOnly)
           
 

Method Detail

getLastException

java.lang.String getLastException()

areEqual

int areEqual(java.lang.String smiles1,
             java.lang.String smiles2)

find

java.util.BitSet[] find(java.lang.String pattern,
                        java.lang.String smiles,
                        boolean isSmarts,
                        boolean firstMatchOnly)

getSubstructureSet

java.util.BitSet getSubstructureSet(java.lang.String pattern,
                                    JmolNode[] atoms,
                                    int atomCount,
                                    java.util.BitSet bsSelected,
                                    boolean isSmarts,
                                    boolean firstMatchOnly)

getSubstructureSetArray

java.util.BitSet[] getSubstructureSetArray(java.lang.String pattern,
                                           JmolNode[] atoms,
                                           int atomCount,
                                           java.util.BitSet bsSelected,
                                           java.util.BitSet bsAromatic,
                                           boolean isSmarts,
                                           boolean firstMatchOnly)

getCorrelationMaps

int[][] getCorrelationMaps(java.lang.String pattern,
                           JmolNode[] atoms,
                           int atomCount,
                           java.util.BitSet bsSelected,
                           boolean isSmarts,
                           boolean firstMatchOnly)

getMolecularFormula

java.lang.String getMolecularFormula(java.lang.String pattern,
                                     boolean isSearch)

getSmiles

java.lang.String getSmiles(JmolNode[] atoms,
                           int atomCount,
                           java.util.BitSet bsSelected,
                           boolean asBioSmiles,
                           boolean allowUnmatchedRings,
                           boolean addCrossLinks,
                           java.lang.String comment)