ProteoWizard
Class Index
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Z
  A  
Index::Entry (pwiz::data)   MSnHeader (pwiz::msdata)   ReaderFail (pwiz::msdata)   SpectrumList_Waters (pwiz::msdata::detail)   
EnzymaticSearchConstraint (pwiz::data::pepxml)   MyBase   ReaderFail (pwiz::proteome)   SpectrumList_ZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   
Activation (pwiz::msdata)   Enzyme (pwiz::identdata)   MyPred   ReaderFail (pwiz::tradata)   SpectrumListBase (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorDerivative (pwiz::frequency::DerivativeTest)   EnzymePtr_missedCleavages   MyWrapper   ReaderFail (pwiz::identdata)   SpectrumListCache (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   EnzymePtr_specificity   MZIntensityPair (pwiz::msdata)   ReaderList (pwiz::proteome)   SpectrumListFactory (pwiz::analysis)   
AlternativeProtein (pwiz::data::pepxml)   Enzymes (pwiz::identdata)   MZRTField (pwiz::analysis)   ReaderList (pwiz::tradata)   SpectrumListSimple (pwiz::msdata)   
AmbiguousResidue (pwiz::identdata)   ParametrizedFunction::ErrorFunction (pwiz::frequency)   MZTolerance (pwiz::chemistry)   ReaderList (pwiz::identdata)   SpectrumListWrapper (pwiz::msdata)   
AminoAcidModification (pwiz::data::pepxml)   ErrorPoint (pwiz::data::pepxml)   
  N  
ReaderList (pwiz::msdata)   SpectrumQuery (pwiz::data::pepxml)   
AnalysisCollection (pwiz::identdata)   EvenMS2Predicate   Record (pwiz::proteome::AminoAcid::Info)   RegionAnalyzer::SpectrumStats (pwiz::analysis)   
AnalysisData (pwiz::identdata)   EvenPredicate   NestedHandler   Record (pwiz::chemistry::Element::Info)   SpectrumTable (pwiz::analysis)   
AnalysisProtocolCollection (pwiz::identdata)   EvenRequester   PeakFamilyDetectorFT::NoDataException (pwiz::analysis)   MSIHandler::Record (pwiz::util)   SpectrumWorkerThreads (pwiz::msdata)   
AnalysisResult (pwiz::data::pepxml)   Evidence (pwiz::tradata)   Noise (pwiz::analysis)   IPIFASTADatabase::Record (pwiz::proteome)   SquareRoot (ralab::base::resample)   
AnalysisSampleCollection (pwiz::identdata)   ExtendedReaderList (pwiz::msdata)   NoiseCalculator (pwiz::analysis)   PeptideID::Record (pwiz::peptideid)   Stats (pwiz::math)   
AnalysisSoftware (pwiz::identdata)   ExtraZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   NoiseCalculator_2Pass (pwiz::analysis)   RegexCVMap (pwiz::identdata)   RegionAnalyzer::Stats (pwiz::analysis)   
AnalysisSummary (pwiz::data::pepxml)   
  F  
NoVendorPeakPickingException (pwiz::analysis)   RegionAnalyzer (pwiz::analysis)   Handler::Status (pwiz::minimxml::SAXParser)   
AnalysisTimestamp (pwiz::data::pepxml)   NthPower (ralab::base::stats)   RegionSIC (pwiz::analysis)   StringMatchCVMap (pwiz::identdata)   
AnotherRootHandler   Feature (pwiz::data::peakdata)   
  O  
RegionSlice (pwiz::analysis)   SubstitutionModification (pwiz::identdata)   
Handler::Attributes (pwiz::minimxml::SAXParser)   FeatureDetector (pwiz::analysis)   RegionTIC (pwiz::analysis)   
  T  
XMLWriter::Attributes (pwiz::minimxml)   FeatureDetectorPeakel (pwiz::analysis)   OBO (pwiz::data)   Residue (pwiz::identdata)   
  B  
FeatureDetectorSimple (pwiz::analysis)   OneMinusAbs   RetentionTime (pwiz::tradata)   TabHandler (pwiz::util)   
FeatureFile (pwiz::data::peakdata)   OrderedPair (pwiz::math)   RocDataPoint (pwiz::data::pepxml)   TabReader (pwiz::util)   
BadListener   FeatureModeler (pwiz::analysis)   OrderedPairContainerRef (pwiz::math)   Root   TabularConfig (pwiz::analysis)   
BaseDiffConfig (pwiz::data)   FeatureModeler_Gaussian (pwiz::analysis)   Organization (pwiz::identdata)   RootHandler   Target (pwiz::msdata)   
BibliographicReference (pwiz::identdata)   Fifth   XMLWriter::OutputObserver (pwiz::minimxml)   RTMatches_Any (pwiz::analysis)   Target (pwiz::tradata)   
Bin1D (ralab::base::resample)   FifthHandler   
  P  
RTMatches_Contains (pwiz::analysis)   TargetList (pwiz::tradata)   
BinaryDataArray (pwiz::msdata)   FileContent (pwiz::msdata)   RTMatches_IsContainedIn (pwiz::analysis)   Term (pwiz::data)   
BinaryDataEncoder (pwiz::msdata)   FileDescription (pwiz::msdata)   Parabola (pwiz::math)   Run (pwiz::msdata)   TestAminoAcid   
BinaryIndexStream (pwiz::data)   Filter (pwiz::identdata)   ParamContainer (pwiz::data)   RunSummary (pwiz::analysis)   TestChargeStateCalculator   
Bucket1D (ralab::base::resample)   FilterWrapper   Parameter (pwiz::data::pepxml)   
  S  
TestData   
  C  
First   Software::Parameter (pwiz::data::peakdata)   TestDatum   
FirstHandler   ParameterEstimator (pwiz::frequency)   Same (pwiz::data::diff_impl)   TestDeisotopeCalculator   
SpectrumListCache::CacheEntry (pwiz::msdata)   FlatRecordBuilder (pwiz::peptideid)   ParametrizedCosine   SameDeep (pwiz::data::diff_impl)   TestDeisotoper   
CalibrationParameters (pwiz::data)   Formula (pwiz::chemistry)   ParametrizedDerivativeSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)   Sample (pwiz::msdata)   TestETDMassFilter   
CancelListener   FragmentArray (pwiz::identdata)   ParametrizedFunction (pwiz::frequency)   Sample (pwiz::identdata)   TestFormula   
CancelProgressCallback   Fragmentation (pwiz::proteome)   ParametrizedFunctionSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)   SampleDatum (pwiz::data)   TestFragmentation   
CharIndexedVector (pwiz::util)   FrequencyData (pwiz::data)   ParamGroup (pwiz::data)   SampledData (pwiz::math::MatchedFilter)   TestInfo   
CharIndexedVectorConstIterator (pwiz::util)   FrequencyEstimator (pwiz::frequency)   Peak (pwiz::analysis)   SampleEnzyme (pwiz::data::pepxml)   TestIterationListener   
CharIndexedVectorIterator (pwiz::util)   FrequencyEstimatorPhysicalModel (pwiz::frequency)   Peak (pwiz::data::peakdata)   SamplingWith (ralab::base::resample)   TestIterationListener_WithCancel   
Chromatogram (pwiz::msdata)   FrequencyEstimatorSimple (pwiz::frequency)   PeakData (pwiz::data::peakdata)   SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)   TestListener   
ChromatogramDataFilter (pwiz::analysis)   FTMSCompFunctor (ralab::base::resample)   PeakDetector (pwiz::analysis)   Scan (pwiz::data::peakdata)   TestMetadataFixer   
ChromatogramIdentity (pwiz::msdata)   FTSieve   PeakDetector (pwiz::frequency)   Scan (pwiz::msdata)   TestModification   
ChromatogramList (pwiz::msdata)   
  G  
PeakDetectorMatchedFilter (pwiz::frequency)   ScanList (pwiz::msdata)   TestModifiedPeptide   
ChromatogramList_ABI (pwiz::msdata::detail)   PeakDetectorNaive (pwiz::frequency)   ScanSettings (pwiz::msdata)   TestMS2Denoise   
ChromatogramList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   Gauss (ralab::base::filter::utilities)   Peakel (pwiz::data::peakdata)   ScanWindow (pwiz::msdata)   TestOperator   
ChromatogramList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   Gauss_1deriv (ralab::base::filter::utilities)   PeakelGrower (pwiz::analysis)   PeakDetectorMatchedFilter::Score (pwiz::frequency)   TestOutputObserver   
ChromatogramList_mzML (pwiz::msdata)   Goober   PeakelGrower_Proximity (pwiz::analysis)   SearchDatabase (pwiz::identdata)   TestPair   
ChromatogramList_Shimadzu (pwiz::msdata::detail)   
  H  
PeakelPicker (pwiz::analysis)   SearchDatabase (pwiz::data::pepxml)   TestPathmask   
ChromatogramList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   PeakelPicker_Basic (pwiz::analysis)   SearchHit (pwiz::data::pepxml)   TestPathPredicate (pwiz::util)   
ChromatogramList_Waters (pwiz::msdata::detail)   Handler (pwiz::minimxml::SAXParser)   PeakExtractor (pwiz::analysis)   SearchModification (pwiz::identdata)   TestPeptide   
ChromatogramListBase (pwiz::msdata)   HandlerFeature (pwiz::data::peakdata)   PeakFamily (pwiz::data::peakdata)   SearchResult (pwiz::data::pepxml)   TestReader   
ChromatogramListSimple (pwiz::msdata)   HandlerPeak (pwiz::data::peakdata)   PeakFamilyDetector (pwiz::analysis)   SearchScore (pwiz::data::pepxml)   TestScanSummerCalculator   
ClickwrapPrompter (pwiz::util)   HandlerPeakel (pwiz::data::peakdata)   PeakFamilyDetectorFT (pwiz::analysis)   SearchSummary (pwiz::data::pepxml)   TestSpectrumInfo   
Image::Color (pwiz::util)   HasBinaryDataPredicate   PeakFinder (pwiz::analysis)   Second   TestThresholder   
Component (pwiz::msdata)   HasID (pwiz::data::diff_impl)   PeakFinder_SNR (pwiz::analysis)   SecondHandler   TextWriter (pwiz::identdata)   
ComponentList (pwiz::msdata)   HermiteInterpolate (ralab::base::base::utilities)   PeakFitter (pwiz::analysis)   SelectedIndexPredicate   TextWriter (pwiz::tradata)   
Compound (pwiz::tradata)   
  I  
PeakFitter_Parabola (pwiz::analysis)   SelectedIon (pwiz::msdata)   TextWriter (pwiz::proteome)   
MS2Deisotoper::Config (pwiz::analysis)   PeakPicker (ralab::base::ms)   SeqMinus (ralab::base::base::utilities)   TextWriter (pwiz::msdata)   
MS2NoiseFilter::Config (pwiz::analysis)   IdentData (pwiz::identdata)   Pep2MzIdent (pwiz::identdata)   SeqPlus (ralab::base::base::utilities)   ThreadStatus   
PrecursorMassFilter::Config (pwiz::analysis)   IdentDataFile (pwiz::identdata)   Peptide (pwiz::proteome)   SequenceCollection (pwiz::identdata)   ThresholdFilter (pwiz::analysis)   
Reader::Config (pwiz::msdata)   Identifiable (pwiz::identdata)   Peptide (pwiz::tradata)   Serializer_FASTA (pwiz::proteome)   TimeIntensityPair (pwiz::msdata)   
PrecursorRecalculatorDefault::Config (pwiz::analysis)   IdentifiableParamContainer (pwiz::identdata)   Peptide (pwiz::identdata)   Serializer_MGF (pwiz::msdata)   Timer (pwiz::util)   
Serializer_mzML::Config (pwiz::msdata)   Image (pwiz::util)   PeptideEvidence (pwiz::identdata)   Serializer_MSn (pwiz::msdata)   TraData (pwiz::tradata)   
Serializer_mzXML::Config (pwiz::msdata)   Index (pwiz::data)   PeptideHypothesis (pwiz::identdata)   Serializer_mzIdentML (pwiz::identdata)   TraDataFile (pwiz::tradata)   
SpectrumIterator::Config (pwiz::msdata)   Index_mzML (pwiz::msdata)   PeptideID (pwiz::peptideid)   Serializer_mzML (pwiz::msdata)   Transition (pwiz::tradata)   
Digestion::Config (pwiz::proteome)   IndexList (pwiz::msdata)   PeptideID_flat (pwiz::peptideid)   Serializer_mzXML (pwiz::msdata)   TranslationTable (pwiz::identdata)   
FrequencyEstimatorPhysicalModel::Config (pwiz::frequency)   IndexList (pwiz::proteome)   PeptideID_pepXml (pwiz::peptideid)   Serializer_pepXML (pwiz::identdata)   TruncatedLorentzian (pwiz::frequency)   
Reader_FASTA::Config (pwiz::proteome)   Inputs (pwiz::identdata)   PeptideIDMap (pwiz::peptideid)   Serializer_protXML (pwiz::identdata)   TruncatedLorentzianEstimator (pwiz::frequency)   
Serializer_FASTA::Config (pwiz::proteome)   Instrument (pwiz::tradata)   PeptideProphetResult (pwiz::data::pepxml)   Serializer_Text (pwiz::identdata)   TruncatedLorentzianParameters (pwiz::frequency)   
PeakDetectorMatchedFilter::Config (pwiz::frequency)   InstrumentConfiguration (pwiz::msdata)   PeptideProphetSummary (pwiz::data::pepxml)   Serializer_traML (pwiz::tradata)   
  U  
IsotopeEnvelopeEstimator::Config (pwiz::chemistry)   IntegerSet (pwiz::util)   PepxmlRecordReader (pwiz::analysis)   SetRetentionTime   
MSDataCache::Config (pwiz::analysis)   Interpretation (pwiz::tradata)   PepXMLSpecificity (pwiz::identdata)   SHA1_ostream (pwiz::util)   IterationListener::UpdateMessage (pwiz::util)   
PepxmlRecordReader::Config (pwiz::analysis)   IntegerSet::Interval (pwiz::util)   Person (pwiz::identdata)   SHA1_WORKSPACE_BLOCK   UserParam (pwiz::data)   
XMLWriter::Config (pwiz::minimxml)   IonType (pwiz::identdata)   Image::Point (pwiz::util)   SHA1Calculator (pwiz::util)   UserParamNameIs   
RegionAnalyzer::Config (pwiz::analysis)   IPIFASTADatabase (pwiz::proteome)   PPMCompFunctor (ralab::base::resample)   SHA1Filter (pwiz::util)   
  V  
RegionSIC::Config (pwiz::analysis)   Is_T2D_Directory   Precursor (pwiz::msdata)   SHA1OutputObserver (pwiz::msdata)   
RegionSlice::Config (pwiz::analysis)   IsDirectory   Precursor (pwiz::tradata)   SHA1SymmetricFilter (pwiz::util)   Validation (pwiz::tradata)   
RegionTIC::Config (pwiz::analysis)   IsolationWindow (pwiz::msdata)   PrecursorRecalculator::PrecursorInfo (pwiz::analysis)   SpectrumIterator::Sieve (pwiz::msdata)   VectorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   
RunSummary::Config (pwiz::analysis)   Isotope (pwiz::chemistry::detail)   SpectrumInfo::PrecursorInfo (pwiz::msdata)   Simple   VectorTabHandler (pwiz::util)   
SpectrumTable::Config (pwiz::analysis)   IsotopeCalculator (pwiz::chemistry)   SpectrumList_PrecursorRefine::PrecursorInfo (pwiz::analysis)   SimpleAnalyzer   Version (pwiz::msdata)   
SpectrumBinaryData::Config (pwiz::analysis)   IsotopeEnvelopeEstimator (pwiz::chemistry)   PrecursorMassFilter (pwiz::analysis)   SimplePeakArea (ralab::base::ms)   Version (pwiz::analysis)   
FeatureDetectorPeakel::Config (pwiz::analysis)   IsotopeTable (pwiz::chemistry)   PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   SimplePicker (ralab::base::ms)   Version (pwiz::identdata)   
Reader::Config (pwiz::identdata)   IsRawData   PrecursorRecalculatorDefault (pwiz::analysis)   SimpleProgressCallback   Version (pwiz)   
Reader1::Config   IsRawFile   ProteinList_DecoyGenerator::Predicate (pwiz::analysis)   Smoother (pwiz::analysis)   Version (pwiz::tradata)   
Reader2::Config   IsWiffFile   ProteinList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   Software (pwiz::msdata)   Version (pwiz::proteome)   
Serializer_mzIdentML::Config (pwiz::identdata)   IterationListener (pwiz::util)   SpectrumList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   Software (pwiz::data::peakdata)   
  W  
Serializer_pepXML::Config (pwiz::identdata)   IterationListenerRegistry (pwiz::util)   SpectrumList_Sorter::Predicate (pwiz::analysis)   Software (pwiz::tradata)   
Serializer_Text::Config (pwiz::identdata)   PeptideID::Iterator (pwiz::peptideid)   Prediction (pwiz::tradata)   SourceFile (pwiz::msdata)   WhittakerSmoother (pwiz::analysis)   
Serializer_protXML::Config (pwiz::identdata)   IntegerSet::Iterator (pwiz::util)   PrintAttribute   SourceFile (pwiz::identdata)   TraDataFile::WriteConfig (pwiz::tradata)   
NoiseCalculator_2Pass::Config (pwiz::analysis)   PeptideID::IteratorInternal (pwiz::peptideid)   PrintEventHandler   Specificity (pwiz::data::pepxml)   IdentDataFile::WriteConfig (pwiz::identdata)   
PeakelGrower_Proximity::Config (pwiz::analysis)   
  K  
ProcessingMethod (pwiz::msdata)   SpectraData (pwiz::identdata)   ProteomeDataFile::WriteConfig (pwiz::proteome)   
PeakelPicker_Basic::Config (pwiz::analysis)   Product (pwiz::msdata)   Spectrum (pwiz::msdata)   MSDataFile::WriteConfig (pwiz::msdata)   
PeakFamilyDetectorFT::Config (pwiz::analysis)   KernelTraits (pwiz::math::MatchedFilter)   Product (pwiz::tradata)   SpectrumBinaryData (pwiz::analysis)   WriteCVParam   
PeakFinder_SNR::Config (pwiz::analysis)   KernelTraitsBase (pwiz::math::MatchedFilter)   ProductSpace (pwiz::math::MatchedFilter)   SpectrumDataFilter (pwiz::analysis)   
  X  
PeakFitter_Parabola::Config (pwiz::analysis)   KernelTraitsBase< Y(*)(X)> (pwiz::math::MatchedFilter)   MSDataAnalyzerDriver::ProgressCallback (pwiz::analysis)   SpectrumIdentification (pwiz::identdata)   
BinaryDataEncoder::Config (pwiz::msdata)   
  L  
Protein (pwiz::proteome)   SpectrumIdentificationItem (pwiz::identdata)   XMLWriter (pwiz::minimxml)   
Configuration (pwiz::tradata)   Protein (pwiz::tradata)   SpectrumIdentificationList (pwiz::identdata)   
  Z  
Contact (pwiz::msdata)   LegacyAdapter_Instrument (pwiz::msdata)   ProteinAmbiguityGroup (pwiz::identdata)   SpectrumIdentificationProtocol (pwiz::identdata)   
Contact (pwiz::tradata)   LegacyAdapter_Software (pwiz::msdata)   ProteinDetection (pwiz::identdata)   SpectrumIdentificationResult (pwiz::identdata)   ZeroSampleFiller (pwiz::analysis)   
Contact (pwiz::identdata)   LinearInterpolate (ralab::base::base::utilities)   ProteinDetectionHypothesis (pwiz::identdata)   SpectrumIdentity (pwiz::msdata)   
  a  
ContactRole (pwiz::identdata)   LinearLeastSquares (pwiz::math)   ProteinDetectionList (pwiz::identdata)   SpectrumIdentityFromMzXML (pwiz::msdata)   
Convert2Dense (ralab::base::resample)   LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_LU > (pwiz::math)   ProteinDetectionProtocol (pwiz::identdata)   SpectrumIdentityFromXML (pwiz::msdata)   analyzer_strings (pwiz::analysis)   
Correlation (pwiz::math::MatchedFilter)   LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_QR > (pwiz::math)   ProteinList (pwiz::proteome)   SpectrumInfo (pwiz::msdata)   analyzer_strings< MetadataReporter > (pwiz::analysis)   
CosineInterpolate (ralab::base::base::utilities)   LinearSolver (pwiz::math)   ProteinList_DecoyGenerator (pwiz::analysis)   SpectrumIterator (pwiz::msdata)   analyzer_strings< RegionSIC > (pwiz::analysis)   
CSHA1   LinearSolver< LinearSolverType_LU > (pwiz::math)   ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Reversed (pwiz::analysis)   SpectrumList (pwiz::msdata)   analyzer_strings< RegionSlice > (pwiz::analysis)   
CubicInterpolate (ralab::base::base::utilities)   LinearSolver< LinearSolverType_QR > (pwiz::math)   ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Shuffled (pwiz::analysis)   SpectrumList_3D (pwiz::analysis)   analyzer_strings< RegionTIC > (pwiz::analysis)   
CustomPair   LocalMaximumPeakDetector (pwiz::analysis)   ProteinList_Filter (pwiz::analysis)   SpectrumList_ABI (pwiz::msdata::detail)   analyzer_strings< RunSummary > (pwiz::analysis)   
CV (pwiz::cv)   LocalMinPeakArea (ralab::base::ms)   ProteinList_FilterPredicate_IdSet (pwiz::analysis)   SpectrumList_ABI_T2D (pwiz::msdata::detail)   analyzer_strings< SpectrumBinaryData > (pwiz::analysis)   
CVIDMatchCVMap (pwiz::identdata)   PeptideID::Location (pwiz::peptideid)   ProteinList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   SpectrumList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   analyzer_strings< SpectrumTable > (pwiz::analysis)   
CVMap (pwiz::identdata)   
  M  
ProteinListCache (pwiz::proteome)   SpectrumList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   Handler::Attributes::attribute (pwiz::minimxml::SAXParser)   
CVParam (pwiz::data)   ProteinListFactory (pwiz::analysis)   SpectrumList_BTDX (pwiz::msdata)   
  b  
CVParamIs (pwiz::data)   MagnitudeLorentzian (pwiz::frequency)   ProteinListSimple (pwiz::proteome)   SpectrumList_ChargeFromIsotope (pwiz::analysis)   
CVParamIsChildOf (pwiz::data)   MascotReader (pwiz::identdata)   ProteinListWrapper (pwiz::proteome)   SpectrumList_ChargeStateCalculator (pwiz::analysis)   basic_charcounter (pwiz::minimxml)   
CVTermInfo (pwiz::cv)   MassAbundance (pwiz::chemistry)   ProteomeData (pwiz::proteome)   SpectrumList_Filter (pwiz::analysis)   
  c  
CVTranslator (pwiz::data)   MassTable (pwiz::identdata)   ProteomeDataFile (pwiz::proteome)   SpectrumList_FilterPredicate_ActivationType (pwiz::analysis)   
CwtPeakDetector (pwiz::analysis)   Match (pwiz::data::pepxml)   Provider (pwiz::identdata)   SpectrumList_FilterPredicate_AnalyzerType (pwiz::analysis)   basic_charcounter::category (pwiz::minimxml)   
  D  
MatchData (pwiz::data::pepxml)   Publication (pwiz::tradata)   SpectrumList_FilterPredicate_ChargeStateSet (pwiz::analysis)   Digestion::const_iterator (pwiz::proteome)   
Measure (pwiz::identdata)   
  Q  
SpectrumList_FilterPredicate_DefaultArrayLengthSet (pwiz::analysis)   
  d  
DaCompFunctor (ralab::base::resample)   MemoryIndex (pwiz::data)   SpectrumList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   
DatabaseTranslation (pwiz::identdata)   MemoryMRUCache (pwiz::msdata)   Q3RatioResult (pwiz::data::pepxml)   SpectrumList_FilterPredicate_MSLevelSet (pwiz::analysis)   dbsequence_p (pwiz::identdata)   
DataCollection (pwiz::identdata)   MetadataReporter (pwiz::analysis)   
  R  
SpectrumList_FilterPredicate_MzPresent (pwiz::analysis)   
  i  
DataFilter (pwiz::data::pepxml)   Mexican_Hat (ralab::base::filter::utilities)   SpectrumList_FilterPredicate_Polarity (pwiz::analysis)   
MSDataAnalyzer::DataInfo (pwiz::analysis)   Mexican_Hat2 (ralab::base::filter::utilities)   RawMassDatum   SpectrumList_FilterPredicate_PrecursorMzSet (pwiz::analysis)   id_p (pwiz::identdata)   
DataProcessing (pwiz::msdata)   MixtureModel (pwiz::data::pepxml)   Reader (pwiz::msdata)   SpectrumList_FilterPredicate_ScanEventSet (pwiz::analysis)   SpectrumList_mzXML::index_not_found (pwiz::msdata)   
DatasetDerivation (pwiz::data::pepxml)   ModAminoAcidMass (pwiz::data::pepxml)   Reader (pwiz::proteome)   SpectrumList_FilterPredicate_ScanNumberSet (pwiz::analysis)   isoChain   
Datum   Modification (pwiz::proteome)   Reader (pwiz::tradata)   SpectrumList_FilterPredicate_ScanTimeRange (pwiz::analysis)   isotopeChain   
DBSequence (pwiz::identdata)   Modification (pwiz::tradata)   Reader (pwiz::identdata)   SpectrumList_IonMobility (pwiz::analysis)   
  l  
DefaultArrayLengthSorter   Modification (pwiz::identdata)   Reader1   SpectrumList_LockmassRefiner (pwiz::analysis)   
DefaultReaderList (pwiz::proteome)   ModificationInfo (pwiz::data::pepxml)   Reader2   SpectrumList_MetadataFixer (pwiz::analysis)   location_less (pwiz::peptideid)   
DefaultReaderList (pwiz::tradata)   ModificationList (pwiz::proteome)   Reader_ABI (pwiz::msdata)   SpectrumList_MGF (pwiz::msdata)   
  m  
DefaultReaderList (pwiz::identdata)   ModificationMap (pwiz::proteome)   Reader_ABI_T2D (pwiz::msdata)   SpectrumList_MSn (pwiz::msdata)   
DefaultReaderList (pwiz::msdata)   MS2Deisotoper (pwiz::analysis)   Reader_Agilent (pwiz::msdata)   SpectrumList_mzML (pwiz::msdata)   meanfunctor (ralab::base::resample::utilities)   
DefaultTabHandler (pwiz::util)   MS2NoiseFilter (pwiz::analysis)   Reader_Bruker (pwiz::msdata)   SpectrumList_MZRefiner (pwiz::analysis)   mru_list (pwiz::util)   
DelimReader (pwiz::identdata)   MSData (pwiz::msdata)   Reader_BTDX (pwiz::msdata)   SpectrumList_MZWindow (pwiz::analysis)   mzrtEqual   
DelimWriter (pwiz::identdata)   MSDataAnalyzer (pwiz::analysis)   Reader_FASTA (pwiz::proteome)   SpectrumList_mzXML (pwiz::msdata)   
  n  
Diff (pwiz::data)   MSDataAnalyzerContainer (pwiz::analysis)   Reader_MGF (pwiz::msdata)   SpectrumList_PeakFilter (pwiz::analysis)   
DiffConfig (pwiz::msdata)   MSDataAnalyzerDriver (pwiz::analysis)   Reader_MSn (pwiz::msdata)   SpectrumList_PeakPicker (pwiz::analysis)   nativeID_less (pwiz::peptideid)   
DiffConfig (pwiz::proteome)   MSDataCache (pwiz::analysis)   Reader_mz5 (pwiz::msdata)   SpectrumList_PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   
  o  
DiffConfig (pwiz::tradata)   MSDataFile (pwiz::msdata)   Reader_mzML (pwiz::msdata)   SpectrumList_PrecursorRefine (pwiz::analysis)   
DiffConfig (pwiz::identdata)   MSDataMerger (pwiz::msdata)   Reader_mzXML (pwiz::msdata)   SpectrumList_ScanSummer (pwiz::analysis)   once_flag_proxy (pwiz::util)   
DigestedPeptide (pwiz::proteome)   MSDataWithSettableVersion   Reader_Shimadzu (pwiz::msdata)   SpectrumList_Smoother (pwiz::analysis)   organization_p (pwiz::identdata)   
DigestedPeptideLessThan   MSIHandler (pwiz::util)   Reader_Thermo (pwiz::msdata)   SpectrumList_Sorter (pwiz::analysis)   
  p  
Digestion (pwiz::proteome)   MSInspectRecordBuilder (pwiz::peptideid)   Reader_UIMF (pwiz::msdata)   SpectrumList_SorterPredicate_ScanStartTime (pwiz::analysis)   
DistributionPoint (pwiz::data::pepxml)   MSLevelSorter   Reader_Waters (pwiz::msdata)   SpectrumList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   pairData   
KernelTraits::Dummy (pwiz::math::MatchedFilter)   MSMSPipelineAnalysis (pwiz::data::pepxml)   Reader1::ReaderConfig   SpectrumList_TitleMaker (pwiz::analysis)   parentIon   
  E  
MSMSRunSummary (pwiz::data::pepxml)   Reader2::ReaderConfig   SpectrumList_UIMF (pwiz::msdata::detail)   person_p (pwiz::identdata)   
Element (pwiz::chemistry::detail)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Z