Class AtomDataReader

    • Field Detail

      • maxDistance

        protected float maxDistance
      • fileName

        protected String fileName
      • fileDotModel

        protected String fileDotModel
      • modelIndex

        protected int modelIndex
      • atomXyzTruncated

        protected javajs.util.P3[] atomXyzTruncated
      • atomRadius

        protected float[] atomRadius
      • atomProp

        protected float[] atomProp
      • atomNo

        protected int[] atomNo
      • atomIndex

        protected int[] atomIndex
      • myIndex

        protected int[] myIndex
      • ac

        protected int ac
      • myAtomCount

        protected int myAtomCount
      • nearbyAtomCount

        protected int nearbyAtomCount
      • firstNearbyAtom

        protected int firstNearbyAtom
      • bsMySelected

        protected javajs.util.BS bsMySelected
      • bsMyIgnored

        protected javajs.util.BS bsMyIgnored
      • bsNearby

        protected javajs.util.BS bsNearby
      • doAddHydrogens

        protected boolean doAddHydrogens
      • havePlane

        protected boolean havePlane
      • doUseIterator

        protected boolean doUseIterator
      • theProperty

        protected float theProperty
      • haveOneProperty

        protected boolean haveOneProperty
      • minPtsPerAng

        private float minPtsPerAng
      • sr

        protected float sr
        solvent radius
      • rs

        protected float[] rs
        atom radius + solvent radius
      • rs2

        protected float[] rs2
        square of (atom radius + solvent radius)
      • maxRS

        protected float maxRS
        maximun (atom radius + solvent radius)
      • thisPlane

        protected float[] thisPlane
      • thisAtomSet

        protected javajs.util.BS thisAtomSet
      • thisX

        protected int thisX
      • margin

        protected float margin
      • vl0

        protected float vl0
      • vl1

        protected float vl1
      • vl2

        protected float vl2
      • bsSurfaceVoxels

        protected javajs.util.BS bsSurfaceVoxels
      • validSpheres

        protected javajs.util.BS validSpheres
      • noFaceSpheres

        protected javajs.util.BS noFaceSpheres
      • voxelSource

        protected int[] voxelSource
      • ptY0

        protected final javajs.util.P3 ptY0
      • ptZ0

        protected final javajs.util.P3 ptZ0
      • pt0

        protected final javajs.util.P3i pt0
      • pt1

        protected final javajs.util.P3i pt1
      • ptV

        protected final javajs.util.P3 ptV
    • Constructor Detail

      • AtomDataReader

        AtomDataReader()
    • Method Detail

      • setup

        protected void setup​(boolean isMapData)
        Overrides:
        setup in class VolumeDataReader
        Parameters:
        isMapData -
      • setup2

        protected void setup2()
      • markPlaneVoxels

        protected void markPlaneVoxels​(javajs.util.P3 p,
                                       float r)
      • setVolumeForPlane

        protected void setVolumeForPlane()
      • getAtoms

        protected void getAtoms​(javajs.util.BS bsSelected,
                                boolean doAddHydrogens,
                                boolean getRadii,
                                boolean getMolecules,
                                boolean getAllModels,
                                boolean addNearbyAtoms,
                                boolean getAtomMinMax,
                                float marginAtoms,
                                javajs.util.M4 modelInvRotation)
        Parameters:
        bsSelected -
        doAddHydrogens -
        getRadii -
        getMolecules -
        getAllModels -
        addNearbyAtoms -
        getAtomMinMax -
        marginAtoms -
        modelInvRotation -
      • setRadii

        protected void setRadii()
      • addAtomProp

        private void addAtomProp​(int i,
                                 float f)
      • getWorkingRadius

        private float getWorkingRadius​(int i,
                                       float marginAtoms)
      • setHeader

        protected void setHeader​(String calcType,
                                 String line2)
      • setRanges

        protected void setRanges​(float ptsPerAngstrom,
                                 int maxGrid,
                                 float minPtsPerAng)
      • setVolumeDataADR

        protected void setVolumeDataADR()
      • setVertexSource

        protected void setVertexSource()
      • resetPlane

        protected void resetPlane​(float value)
      • resetVoxelData

        protected void resetVoxelData​(float value)
      • getVoxel

        private float getVoxel​(int i,
                               int j,
                               int k,
                               int ipt)
      • unsetVoxelData

        protected void unsetVoxelData()
      • unsetVoxelData2

        protected void unsetVoxelData2()
      • setGridLimitsForAtom

        protected void setGridLimitsForAtom​(javajs.util.P3 ptA,
                                            float rA,
                                            javajs.util.P3i pt0,
                                            javajs.util.P3i pt1)
      • getAtomMinMax

        protected void getAtomMinMax​(javajs.util.BS bs,
                                     javajs.util.BS[] bsAtomMinMax)
      • markSphereVoxels

        protected void markSphereVoxels​(float r0,
                                        float distance)
      • setVoxel

        protected void setVoxel​(int i,
                                int j,
                                int k,
                                int ipt,
                                float value)